希臘文使用動詞的字尾變化，來標示動作者的人稱與單複數，並主動、關身、被動不同語態，以及各種不同的時態及語氣，且用名詞與形容詞的字尾變化，來標示特定對象的性（陽性、陰性、中性）與單複數，並構句中的角色（主格、所有格、間接受格、直接受格、呼格）。
因此，希臘文的構句，在字序這方面，遠比中文有彈性。對中文而言，「我喜愛你」與「你喜愛我」，因著字序的不同，所呈現的語意是截然不同的，但對希臘文而言，「我（主格）－喜愛你（直接受格）」與「你（直接受格）－喜愛－我（主格）」，兩者字序雖然不同，但語意卻完全相同，均為「我喜愛你」。而為表達強調，希臘文往往也會將欲強調的詞語置於接近句首的位置，如此一來，若在翻譯中欲保存希臘文的構句，中文往往須採用倒裝的句法來呈現，例如：
- 約1:50，「比這些事更大的，你將看見」，中文較自然的表達為「你將看見比這些事更大的」。
- 約7:23，「對我你們苦恨」，中文較自然的表達為「你們苦恨我」。
- 約13:7，「這我啊－我做的，你啊－你此時為曾知曉」，中文較自然的表達為「你啊－你此時未曾知曉這我啊－我做的」。
- 約14:7，「我的那父你們也將認識 」，中文較自然的表達為「你們也將認識我的那父」。
- 約17:23，「正如我你愛了」，中文較自然的表達為「正如你愛了我」。
不僅如此，希臘文喜用後製修飾的關係句，或後置的介系詞片語，來提供近一部的訊息。此時欲保存希臘文的構句，中文往往須用補述的句法來呈現，例如：
- 約17:24，「為的是他會目睹那我的榮耀（這你已賜我的）」，中文較自然的表達為「為的是他們會目睹這你已賜我的、那我的榮耀」。
- 約17:24，「因為你愛了我－先於世界的伊始」，中文較自然的表達為「因為先於世界的伊始，你愛了我」。
這些補述，往往會以（）或－標示，來凸顯這些文句的補述功能，並減低閱讀上的困難。
本譯本除大量使用倒裝與補述的手法進行翻譯外，在標點的使用上，亦有一些獨特之處，值得留意：
- 方括弧〔……〕 標示希臘文中無法確定原始經文的部分，或確定原始經文無但須保存的重要傳統。此一標示法，係跟隨UBSGNT的校勘標示。
- 專名號 以底線標示。
- 冒號： 僅用來翻譯hoti（引介附屬子句時）與hina（引介附屬字句時）。
- 引號「」 用來標示間接引句，若希臘文並無hoti或hina引介引句，之前將使用逗點（，）隔開，或直接接於之前的語句後。
- 分號； 按中文分號的標準用法，分號應僅用於對仗與對比的兩個子句之間，但在本譯本中用於標示希臘文出現分號的位置（校勘本的希臘文，使用了逗號、分號、句號，來標示句子分段的三個不同階層）。
- 圓括弧（……）與破折號－ 如前所述，用以標示補述。
最後，本譯本使用斜體字，標示希臘文無，但為中文通順的需要而增添的字詞，因此當讀者對照本譯本與希臘文時，可分辨出希臘文原先使用的詞語為何，並這些詞語在構句中的功能，以及中文必須使用的量詞。
（此處的規則，將隨本計畫的進行，而加以擴充增補）